5분 만에 시작합니다 / for everyone

AI 동료과학자 만들기
LLM-Wiki 구축 방법

ChatGPT를 쓰시든 Claude를 쓰시든 똑같이 됩니다. 앱을 켜고, 폴더를 하나 만들고, 링크 한 줄을 채팅창에 붙이면 끝입니다. 평소 카톡으로 설명할 때 쓰는 3단계 그대로 옮겨 적었습니다.

01STEP
어떤 AI 쓰세요?

둘 중 하나만 고르시면 됩니다.

ChatGPT 쓰시는 분 → Codex 앱 다운로드
Claude 쓰시는 분 → Claude 앱 다운로드

두 앱 모두 작동 방식은 같습니다.

02STEP
폴더 하나 만들어 주세요

앱을 켜면 채팅창이 나옵니다.

Codex는 그대로 쓰시면 됩니다.
Claude는 화면 위쪽 세 번째 탭 "Code"를 누르세요.

채팅창 바로 위에 폴더 선택 메뉴가 보입니다. 컴퓨터에 llm-wiki 라는 폴더를 새로 하나 만드시고, 그 폴더를 선택하세요.

이제 거기가 작업 공간입니다.

03STEP
링크 붙이고 한 마디

채팅창에 아래 링크를 붙여 넣으세요.

GIST https://gist.github.com/joonan30/cbce305684d079dbe9a3fbaefe4e3959

그리고 한 마디만 던지세요.

나도 이거 세팅해줘

끝입니다.

82-DAY RECORD · 첫 달과 그 이후 이렇게 셋업한 폴더가 82일 동안 어떻게 달라졌는지 보려면 ↓
0일
관찰 기간
0
위키 노트
0
overview 허브
0
5/8 이후 커밋
0
6/28 신규 deep-ingest
FIRST HOUR · 셋업 직후, 처음 한 시간

진짜 처음 보는 다섯 가지

gist 붙여 넣고 "나도 이거 세팅해줘" 한 마디로 셋업이 끝나면, 곧바로 마주치는 다섯 가지가 있습니다. ingest가 뭔지, 마크다운이 뭔지, AI가 묻는 "allow"가 뭔지 먼저 잡아두면 됩니다. 이 페이지의 그래프나 단계는 그다음입니다.

QUESTION 01
"ingest"는 뭐 하는 건가요?
PDF 한 편을 AI가 읽고, 요약 마크다운(sources/)과 구조화된 위키 노트(wiki/)로 자동 변환하는 과정. "논문 정리하다"를 위키에서 부르는 짧은 말입니다.
한 편 ingest = 폴더 안에 마크다운 노트 1편 + 위키 페이지 1편이 새로 생긴다는 뜻. 채팅창에 한국어로 "정리해줘"라고 해도 알아듣지만, 위키 안에서는 "ingest"가 더 정확합니다. 어떤 문서를 시스템 안으로 가져와 처리하는 행위입니다.
QUESTION 02
처음엔 PDF 1편으로 작게
셋업 끝나고 가장 먼저 할 일. 책상 위에 있는 PDF 한 편을 채팅창에 끌어다 놓고 한 마디:
이 PDF ingest해줘
AI가 papers/에 PDF 옮기고, sources/에 요약 마크다운 만들고, wiki/의 적절한 카테고리 폴더에 노트를 넣습니다. 5분이면 첫 결과가 나옵니다. 시스템이 잘 작동하는지 한 번 확인하는 단계.
QUESTION 03
그 다음엔 서지 프로그램 폴더 통째로
한 편씩 끌어다 넣을 수도 있지만, Zotero · EndNote · Mendeley에 PDF가 이미 수십~수백 편 쌓여 있다면 그 폴더 위치를 한 번만 알려주면 됩니다. 이후엔 거기 있는 모든 PDF가 ingest 대상이 됩니다.
"폴더 위치"가 뭔지 모르겠다? AI에게 물으면 됩니다.
내 컴퓨터에서 Zotero PDF 폴더 위치 찾아줘
AI가 일반적인 위치들을 자동으로 검색해서 알려줍니다. 사용 중인 OS, 계정명, 설치 경로까지 알아서 파악합니다. 여러분이 폴더 경로를 외울 필요 없습니다.
참고로, 직접 확인하고 싶다면 보통 이 위치들에 있습니다:
Mac
  • Zotero ~/Zotero/storage
  • EndNote 라이브러리.Data/PDF
  • Mendeley ~/Library/Application Support/Mendeley
Windows
  • Zotero C:\Users\이름\Zotero\storage
  • EndNote 내 문서\EndNote\
  • Mendeley AppData\Local\Mendeley Ltd
한 번 등록 = 매일 자동. 폴더 위치를 한 번 알려주면, 그 이후엔 새로 추가된 PDF만 자동 ingest됩니다. 서지 프로그램에서 페이퍼 한 편 받으면 → 다음 ingest 사이클에 알아서 들어옵니다.
QUESTION 04
"마크다운"이 뭐고, 결과 노트는 어떻게 생겼나
마크다운 = 텍스트에 #·*·- 같은 기호 몇 개로 제목·강조·목록을 표시하는 형식. 코드 아닙니다. 그냥 메모장으로도 열리는 평범한 텍스트.
# 제목
## 부제목
**굵게**
- 목록
[[link]]위키 링크
파일 확장자 .md = 마크다운 파일. VS Code · Obsidian · 메모장 등 어디서든 열립니다. 위키 노트 1편 = .md 파일 1개. 누구나 열어 볼 수 있고, 검색되고, 다른 노트와 자동으로 연결됩니다.
ingest하면 노트가 이렇게 생깁니다:
--- title: 신규 위험 유전자 12개 동정 (논문 제목) authors: First-Author, J. et al. year: 2024 journal: Nature category: disease-genetics tags: [single-cell, mouse, brain] --- ## Summary - 154개 trio에서 de novo variant 분석 - LoF burden이 affected proband에서 1.4배 증가 - 12개 신규 위험 유전자 동정 ## Key methods - whole genome sequencing (parent-child trio) - protein-truncating + missense damaging 분리 분석 ## Related - [[overviews/disease-genetics]] - [[concepts/de-novo-mutations]] - [[methods/trio-wgs]]
위 텍스트가 그대로 .md 파일에 적힌 내용입니다. 메모장으로 열면 위 텍스트가 그대로 보이고, Obsidian 같은 도구에서는 제목과 링크가 예쁘게 렌더링됩니다. 핵심은 텍스트 그 자체가 데이터라는 점입니다. 어디 가둬져 있지 않고 어떤 도구로든 다룰 수 있습니다.
QUESTION 05
에이전트가 "allow" 물어요. 컴퓨터 안 망가지나요?
안 망가집니다.
AI가 파일 읽기·쓰기·실행 전에 매번 물어보는 안전장치입니다. 권한은 그 폴더 안에서만 작동합니다. ~/llm-wiki에 들어간 작업은 그 폴더만 건드립니다. 다른 위치는 못 만집니다. 매번 거절할 수 있고, 거절해도 다음 행동으로 넘어갑니다.
매번 누르기 귀찮으면 auto mode 켜기:
Claude Code
Shift+Tab으로 토글 → 그 세션 자동 수락
Codex CLI
--yes 옵션 또는 설정에서 auto-approve
처음 며칠은 직접 누르세요. AI가 어떤 행동을 하려는지 한 번씩 보면 어떻게 작동하는지 감이 잡힙니다. 익숙해지면 그때 auto mode로 넘어가세요. 익숙해지기 전엔 매번 누르는 게 안전감도 학습 효과도 더 높습니다.
여기부터 역할별로 갈라집니다 · 읽는 사람
00 · 시작하기 전에

이 페이지가 다루는 세 개의 개념

AI를 옆에 두고 일하는 연구자가 자기 지식을 어떻게 쌓는가의 이야기다. 본문에 들어가기 전에 세 가지부터 정리한다. LLM Wiki가 무엇인지, 에이전트가 무엇인지, 그 둘이 어떻게 지식 체인을 만드는지.

CONCEPT 01
LLM Wiki
Karpathy 패턴
한 페이퍼를 세 형태로 동시에 보관한다. 원본 PDF, LLM 요약 마크다운, 그리고 구조화된 위키 페이지. 같은 정보의 세 검색 표면이다. PDF는 정확한 인용 때 연다. 요약 마크다운은 훑을 때 쓴다. 위키 페이지는 백링크 따라가며 종합할 때 들어간다.
5,439 PDF · 7,536 요약 · 8,695 위키 노트
CONCEPT 02
Agent
두 번째 작업자
폴더 루트의 AGENTS.md를 매 세션 처음에 다시 읽고, 그 룰에 따라 작업하는 AI. 이 위키는 Claude (대화형) + Codex CLI (자동화) 두 에이전트가 같은 룰로 같이 쓴다. 길게 명령하기보다 목표를 준다.
376줄 루트 매뉴얼 · 2 에이전트 · 분리된 세부 문서
CONCEPT 03
지식 체인
누적 사슬
연구자의 지식은 여섯 층으로 누적된다. PDF → 요약 → 위키 → 종합 → 스펙 → 결과. 이전 층 없이는 다음 층이 존재할 수 없다. 체인의 어느 단계가 끊기면 위쪽 전체가 무너진다.
6 단계 · 각자 폴더 · 모두 검색 가능

PDF에서 결과까지, 여섯 단계의 체인

각 단계는 그 아래 단계 없이는 존재할 수 없다. 노드를 클릭하면 단계의 의미가 열린다.

읽는 순서

9개 섹션. 선택한 역할에 따라 먼저 볼 곳이 다르다. 점은 그 섹션이 특히 도움이 되는 역할을 표시한다.

§01
Compounding Flow
첫 31일의 누적. 매일 무엇이 바뀌었나.
§02
After Day 31
5월 8일 이후 바뀐 운영 기준.
§03
Six Phases
6번의 분기점. 각 단계의 폴더 스냅샷.
§04
Governance Trellis
머릿속 룰을 글로 박은 순간.
§05
Recurring Loops
매일·주간·분기점에 도는 5개 루프.
§06
Backlog Anatomy
분석 단위 한 항목의 6행 해부.
§07
Role Playbooks
학부·대학원·연구원·PI 30일 플레이북.
§08
Adapt 8 원칙
다른 분야로 옮기는 이전 가능한 원칙.
§09
Real Workflows
PI 학생 피드백, 미팅 자료, manuscript 검토, 협업. 채팅창 한 마디 사례 5개.
00 B · BEYOND THE WIKI

위키 옆에 생긴 폴더들

처음엔 papers/sources/wiki 세 폴더만 있었다. 82일차에는 공개 위키, 내부 agenda, 자동화 로그, 외부 협업 시스템이 따로 놓였고 시작 규칙은 하나로 남았다. 이 페이지는 위키 폴더에서 출발해 그 둘레의 작업 공간까지 함께 본다.

Core 3 폴더 · Karpathy 패턴
papers/
원본 PDF
인용할 때만 연다. 모든 추론의 바닥.
5,439 PDF
sources/
LLM 요약
페이퍼 1편이 마크다운 1개로. 빠르게 훑을 때 쓴다.
7,536 마크다운 노트
wiki/
구조화 노트
백링크·frontmatter·카테고리. 재사용되는 지식 원자.
8,695 페이지 / 45 카테고리
Operations 7 폴더 · 첫 달 이후 정제
agenda/
분석 스펙
Goal·Input·Output·Done이 박힌 작업 단위. 핸드오프 노트와 매핑 단일 소스도 여기.
interactives/
시각화
이 페이지를 포함한 12개 인터랙티브. 데이터와 HTML 묶음.
slides/
강의·발표
강의자료, 컨퍼런스 발표, 그룹 미팅 슬라이드. 위키 노트가 슬라이드의 1차 입력.
peer-review/
외부 페이퍼 리뷰
저널 리뷰 작업. 위키의 관련 노트와 백링크로 묶인다.
note-meeting/
미팅 기록
미팅마다 한 파일. 결정 사항이 위키 노트로 자동 백링크.
scripts/
자동화
paper monitor 1,101줄 + 인제스트 배치 + audit. 매일 도는 코드.
logs/
audit 로그
깨진 wikilinks, 중복 stem, 메타데이터 블로커. 정리 작업의 흔적.
외부 시스템과 묶인다
External 5 시스템 · MCP로 연결
N
Notion
가명 프로젝트 5개 DB (PROJECT-α, β, γ, δ, ε). 협업의 중심이다. 위키 노트를 프로젝트 페이지로 옮기고, 학생·공동연구자에게 전달하고, 미팅 노트를 모은다. 모든 DB가 동일한 3-앵커 (📚 참고 논문 / 📅 미팅 노트 / 🗂 리소스).
5 DB · 3 표준 앵커
S
Slack MCP
팀 채널에 위키 링크 공유, 일일 모니터 결과 포스트, 학생 → 사수 보고 자동화. "오늘 ingest한 페이퍼 3편 한 줄 요약해서 #lab-papers에 올려줘" 한 마디면 된다.
실시간 알림 · 채널 자동 포스트
G
Gmail MCP
공동연구자에게 미팅 자료 발송, 페이퍼 회신, 협력 메일 초안 작성. 위키에서 자료 추리고 → 메일 본문 → 첨부까지 한 흐름. "X 박사한테 이번 주 결과 정리해서 메일 초안 써줘"가 일상이 된다.
메일 초안 · 자료 첨부
$
Grants
가명 과제 4건 (GRANT-A, B, C, D). 노션 DB ↔ 그랜트 매핑이 agenda/notion-grant-mapping.md 단일 소스에 있다. 매 세션 처음 이 파일을 다시 읽고, 그날 작업이 어느 과제로 갈지 판정한다.
4 과제 · 1 매핑 파일
A
AI Agents
Claude는 대화형으로 분석 스펙·미팅 노트·인터랙티브·메일 초안을 짠다. Codex CLI는 배치 자동화로 paper monitor·인제스트·audit을 맡는다. 둘 다 같은 AGENTS.md를 읽되, 세부 절차는 docs/와 agenda/ 규칙 파일로 분리한다.
2 에이전트 · 1 매뉴얼
역할별로 본 전체 구조
학부생이라면. 처음엔 Core 3 폴더만 만져도 충분하다. Operations 7개는 시간이 지나면 자연히 손이 간다. External 5는 사수가 셋업한 걸 그대로 쓰면 된다. 시작은 Slack에 "오늘 본 페이퍼 사수한테 보고해줘" 한 마디 정도부터.
대학원생은 먼저 자기 프로젝트가 노션 DB 하나에 매핑되어 있는지 확인할 것. 매일 만지는 폴더는 papers·sources·wiki·agenda 네 개. Slack/Gmail MCP는 미팅·협업 시즌에 진가를 발휘한다. 예를 들면 미팅 자료 메일 초안, 공동연구자 답신.
연구원의 핵심 책임: External 5의 일관성이다. 5개 노션 DB가 표준 3-앵커를 갖고 있는지, notion-grant-mapping이 최신인지, Slack 채널 매핑이 살아있는지, Gmail 자동 발송 룰이 정상 작동하는지를 매주 점검한다.
PI 입장에서 가장 중요한 건 External Grants 카드와 Notion 학생 노트. 4개 과제가 각자 어떤 노션 DB와 어떤 위키 폴더에 묶여 있는지가 한 파일에 있고, 학생들의 주간 노션 노트와 신규 위키를 한 번에 보면 미팅 전에 학생별 피드백 초안이 5분 만에 나온다.
01 · COMPOUNDING FLOW

오늘은 어제 위에 쌓인다

아래 차트는 첫 31일 동안 5개의 운영 레이어가 어떻게 쌓였는지 보여준다. 첫 달 뒤에는 공개 지식과 내부 운영을 나누고, 신규 ingest마다 품질 기준을 붙이는 방향으로 움직였다. 이때부터 위키는 논문 저장 폴더를 넘어 매일 돌아가는 운영 시스템에 가까워졌다.

첫 31일 일일 원장 · 매일이 보인다
막대 = 그날 변경된 파일 수 (log scale) · ★ = 분기점 · 클릭하면 그날 일이 열린다
휴지 저 중 고 스파이크
역할별로 이 원장을 읽는 법
학부생이라면. 4월 8일에 처음 들어왔다고 상상해 보면, 그날 위키는 거의 비어 있었다. 첫 31일 뒤엔 4,000개에 가까운 노트와 운영 매뉴얼이 있었다. 82일차에는 노트가 8,000개를 넘었지만 시작법은 같다. 먼저 papers와 sources만 익히고, synthesis와 agenda는 시간이 지나면서 자연히 보인다.
대학원생이 자주 만지는 건 4번 레이어(일일 운영 루프)와 5번 레이어(분석 스펙) 두 곳. 이 두 레이어가 가장 늦게 나타났지만 가장 빠르게 쌓이고 있다. 매일 paper monitor를 돌리고 분석 백로그 한 항목을 클로징하면 이 두 레이어가 자란다.
연구원이 매일 만지는 곳은, 3번(규칙)과 4번(운영) 레이어 두 곳. 이 두 레이어의 일관성이 연구원 손에 달려 있다. 새 학생이 들어오거나 새 프로젝트가 들어와도 두께가 일정하게 유지돼야 한다. 4월 29일의 점프(488줄 등장)가 그 일관성을 처음으로 글로 옮긴 시점이다.
PI 입장에선, 1~2번 레이어는 학생들이 매일 채운다. PI가 봐야 할 건 3번(규칙)과 5번(분석). 3번은 두 에이전트가 같은 룰로 움직이는지, 5번은 위키 작업이 실제 연구 결과로 환산되고 있는지를 본다. 5번 레이어가 자라지 않으면 위키가 비싼 일기장이 되고 있다는 경고다.
01 B · AFTER DAY 31

한 달 뒤에는 품질 기준이 바뀌었다

5월 8일까지는 PDF 더미가 분석 작업물로 바뀌는 과정이었다. 그 뒤 51일에는 기준이 달라졌다. 많이 넣는 일보다, 넣은 것을 다시 찾고 믿고 쓸 수 있게 정리하는 일이 앞에 왔다. 공개 위키와 내부 운영을 나누고, 검색 인덱스를 계층화하고, 고립된 페이지를 허브에 붙였다. 신규 ingest에는 synthesis 링크와 supersede check를 붙였다.

5,439
PDF
7,536
source notes
8,695
wiki pages
365
overview hubs
121
post-May commits
127
6/28 new papers
2026-05-16
검색은 운영 루프로 들어왔다
qmd 재색인 래퍼와 PDF 추적 정책이 들어왔다. 새 파일을 넣을 때마다 손으로 뒤지는 대신, 인덱스를 언제 누가 갱신할지 정했다.
2026-06-05
고립 논문을 허브에 묶었다
Perturb-seq 방법론, MPRA, high-impact paper audit에서 기준이 바뀌었다. 논문을 추가하는 것보다 어느 overview에 붙일지가 먼저였다. 유지보수 스크립트와 work log도 함께 생겼다.
2026-06-07
AGENTS.md는 줄고 절차 문서는 나뉘었다
루트 매뉴얼은 801줄에서 300줄대로 줄고, 세부 절차는 docs와 agenda 규칙으로 빠졌다. 자주 쓰는 규칙은 루트에 남기고, 긴 절차는 별도 문서로 보냈다.
2026-06-21
공개 위키와 내부 연구 노트를 나눴다
in-prep manuscript, lab-program page, 외부 공개에 맞지 않는 process page를 wiki 밖으로 옮겼다. 위키는 공개 지식층, agenda는 내부 운영층으로 쓰기 시작했다.
2026-06-23
질문 페이지와 orphan을 topic hub로 접었다
수백 개 연구 질문을 topic Open Questions로 흡수하고, synthesis-orphan을 category별로 drain했다. 이후 품질 기준은 페이지 수보다 허브 연결 여부에 가까워졌다.
2026-06-28
대량 ingest에도 synthesis 기준을 붙였다
논문_2026 배치에서 181 PDFs를 검사하고, DOI 중복 53개를 건너뛰고, 127편을 새로 넣었다. 각 항목에는 PDF, source, wiki, bidirectional synthesis link, supersede check가 함께 남는다.
03 · SIX PHASES

여섯 번의 분기점

첫 달도, 그 뒤 51일도 균일하게 자라지 않았다. 여섯 번째 분기점에서는 공개 위키와 내부 운영을 분리했고, 모든 ingest에 synthesis 링크와 supersede check를 요구했다. 카드를 클릭하면 각 시점의 폴더 스냅샷이 열린다.

역할별로 가장 중요한 단계
학부생이 먼저 보는 건 Phase 1~2 (덤프 → 분류). 처음 들어왔을 때 가장 먼저 부딪히는 질문은 "이 폴더에 뭐가 있나". Phase 1의 단순 3폴더 구조(papers/sources/wiki)부터 익히고, Phase 2의 카테고리는 첫 달 분량의 도메인 지도로 본다. 외우기보다 검색할 때 어디를 봐야 하는지 익히는 단계.
대학원생의 일상은 Phase 4~5 (운영 → 분석)에 있다. 매일 돌아가는 paper_monitor, 분석 스펙을 작성해 서브에이전트에 던지는 워크플로. Phase 5의 "Assignable Prompt" 패턴을 익히면 자는 동안에도 작업이 진행된다.
연구원에게 핵심은 Phase 3~4 (규칙 → 운영). 일관성 보장이 본업이다. Phase 3의 AGENTS.md 규칙이 살아 있는지 매주 점검하고, Phase 4의 일일 루프가 끊기지 않게 운영한다.
PI가 점검할 것은 Phase 3과 Phase 5 두 가지. 학생들이 Phase 1~2를 채운다. PI는 Phase 3의 규칙이 시대에 맞는지, Phase 5의 분석 산출물이 실제 페이퍼와 그랜트로 환산되고 있는지를 본다.
04 · GOVERNANCE TRELLIS

머릿속 룰이 한 번에 글이 됐다

AGENTS.md는 4월 29일 단 한 번의 커밋으로 0줄에서 488줄로 생겼고, 5월에는 567줄까지 자랐다. 6월에는 줄였다. 루트 매뉴얼을 376줄로 낮추고 세부 절차를 docs와 agenda 규칙으로 보냈다. 사람과 Claude, Codex는 같은 시작점을 읽고, 긴 절차는 각자 맞는 문서에서 찾는다.

0
04-08첫 커밋
0
04-09덤프 끝
488
04-29규칙화
567
05-08첫 달
376
06-28분리 후

운영 매뉴얼의 6개 핵심 룰. 펼쳐서 읽기.

에이전트 부트스트랩 체크리스트
새 세션마다 4단계 강제: AGENTS.md 재독 → 매핑 문서 재독 → 이전 세션 메모리 신뢰 금지 → 표준 앵커 매핑 확인. 같은 룰을 두 번 설명하지 않는다.
노트 인제스트 워크플로
로컬 파일만 사용. 웹 검색은 명시 요청 시에만. PDF → sources/ → wiki/ 순서로 생성한 뒤 노션 포스팅을 검토. 잡지식 차단.
노션 페이지 배치 규칙
모든 활성 프로젝트 DB는 동일한 3종 앵커(📚 참고 논문 / 📅 미팅 노트 / 🗂 리소스)를 갖는다. 외부 페이퍼 노트는 첫 번째 앵커 하위에만 들어간다.
언어 정책
노션 코멘트는 기본 한국어. 영어로 쓸 때는 외부 협력자에게 보내는 경우만, 그것도 사용자 확인 후. 영-한 중복 금지.
프라이버시 가드레일
로컬 경로(/Users/..., ~/Dropbox/...)를 노션 본문에 절대 쓰지 않는다. 노션은 공유 공간, 위키는 로컬 절대경로 OK. 정반대 룰을 명시한다.
단일 매핑 소스
활성 프로젝트 ↔ DB ↔ 앵커 ID 매핑은 단 한 파일(notion-grant-mapping.md)에서만 관리. 모든 에이전트가 매 세션 첫 작업 전에 다시 읽도록 강제한다.
역할별로 본 매뉴얼
학부생은 첫날부터 다 읽지 말 것. "에이전트 부트스트랩 체크리스트"와 "언어 정책" 두 개만 보면 시작 가능. 나머지는 일하다 막힐 때 다시 펼친다.
대학원생. 매뉴얼이 부족하다고 느끼는 순간이 곧 매뉴얼에 한 줄 추가할 타이밍이다. 같은 실수를 두 번 설명하지 않게.
연구원에게 이 매뉴얼은 진짜 직무 기술서다. 매주 읽고, 깨진 부분은 PR로 고친다. 매뉴얼 없는 시스템은 연구원 한 명이 휴가 가는 순간 멈춘다.
PI가 봐야 할 신호는 길이보다 분리 여부다. 6월처럼 루트 규칙은 짧게 두고, 세부 절차는 docs와 agenda 규칙으로 나눠야 오래 간다. 한 파일이 800줄, 1000줄로 가면 분기할 때다.
05 · RECURRING LOOPS

다섯 개의 도는 시스템

위키가 정적인 저장소에서 회전하는 시스템으로 바뀌었다. 다섯 개의 독립 루프가 각자의 주기로 계속 돈다. 한 루프가 멈춰도 다른 루프는 돈다.

역할별로 매일 돌릴 루프
학부생이 먼저 손에 익혀야 할 건 Paper Monitor 루프. 명령어 한 줄(`python scripts/paper_monitor.py`)로 시작해, 그 결과물인 monitor 리포트를 매일 5분 훑는 습관을 들인다. 이 루프 하나만 자동화돼도 분야 동향 파악이 끝난다.
대학원생의 일일 루프 두 개: Ingest 루프와 Question→Backlog 루프. 매일 1~3편 ingest, 주 1회 백로그 1항목 클로즈. 이 두 루프가 페이퍼 작성 속도를 좌우한다.
연구원 주간 루프는 Audit·정리 루프와 Notion 포스팅 루프. 깨진 wikilink, 중복 stem, 미정렬 노션 페이지를 매주 청소한다. 이 둘이 끊기면 시스템 전체가 무너진다.
PI는 Question→Backlog 루프만 본다. 매주 새로 작성된 분석 스펙 수, 클로즈된 P0 백로그 수, 누적 TSV 템플릿 수. 이 세 숫자가 그룹의 실질 생산성이다.
06 · BACKLOG ANATOMY

분석 백로그 한 항목의 해부

이 6행 템플릿이 위키 노트를 분석 단위로 굳히는 단위다. 추상적인 연구 질문도 이 6칸을 채우면 즉시 서브에이전트에 던질 수 있는 형태가 된다.

Goal
한 문장으로 분석 목표 고정. cohort × layer matrix를 만든다처럼 결과물의 형태가 동사로 박혀야 한다."이해한다", "검토한다" 같은 모호한 동사는 결과물이 없다.
Input
근거 노트의 절대경로 리스트. agenda/<project>/spec.md, wiki/projects/X.md 형식.웹 검색을 막기 위함. 에이전트가 잡지식으로 빈칸을 채우지 못하게 한다.
Output
생성될 파일의 경로까지 미리 지정. agenda/<p>/2026-05-08-template.tsv에이전트가 실행하면 정확히 그 자리에 파일이 생긴다.
Template
TSV 첫 줄을 그대로 박는다. cohort\tcase_count\tsex\t...컬럼 정의가 곧 분석 변수 사전. 컬럼이 없는 데이터는 "unknown"으로 표시.
Done
3~5개의 명시적 종료 조건. 모든 cohort에 1행, unknowns은 prose가 아닌 컬럼에완료를 누가 봐도 같게 판정한다. "완료한 듯하다"가 사라진다.
Prompt
Claude/Codex에 그대로 붙일 프롬프트. 위 5개를 한 문단으로 압축.한 번 작성한 프롬프트는 다른 프로젝트에서도 재사용된다. 변수만 바꿔서.
웹 검색 금지로컬 파일만unknown은 컬럼에출력 경로 사전 지정프롬프트 재사용
이 6행을 어떻게 쓰는가
학부생이 첫 분석을 시작할 때. 이 템플릿을 빈칸으로 두지 말고, 사수와 함께 6행을 채우는 30분 미팅을 먼저 잡아라. 6칸이 다 차면 그날 안에 첫 결과가 나온다.
대학원생은 새 분석을 시작할 때마다 이 6행부터 적는다. 작성에 30분 걸리면 분석은 2시간이면 끝난다. 작성에 5분 걸리면 분석은 일주일 가도 안 끝난다.
연구원의 일은 학생들이 작성한 6행을 PR-style로 리뷰하는 것. Goal이 동사인지, Done이 측정 가능한지, Output 경로가 다른 분석과 충돌하지 않는지를 본다.
PI는 매주 작성된 6행을 5개씩 훑는다. Goal이 모호한 항목이 30%를 넘으면 그룹의 분석 속도가 떨어지고 있다는 적신호다.
07 · ROLE PLAYBOOKS

네 명의 사용자, 네 개의 시작

같은 위키를 누가 어떻게 쓰는가. 각 카드는 그 역할의 첫 30일 플레이북이다.

학부 연구생 · ONBOARDING
처음 들어왔을 때
목표: 30일 안에 위키가 손에 잡히는 도구가 된다.
1
Day 1: AGENTS.md의 "Agent Startup Checklist" 한 섹션만 읽는다. 나머지는 닫아둔다.
2
Day 2~3: 사수가 지정해준 페이퍼 1편을 직접 ingest 해본다. PDF → sources/ → wiki/ 흐름을 손으로 따라간다.
3
Day 4~7: paper_monitor.py를 매일 돌린다. 결과 리포트 5분 훑기를 습관화.
4
Week 2: wiki/overviews/ 중 자기 도메인 1개를 정독한다. 그 안의 백링크를 따라 위키 구조를 익힌다.
5
Week 3: 첫 분석 백로그를 사수와 함께 6행으로 작성. 한 번 끝까지 클로즈.
6
Week 4: 미팅 노트 1개를 위키 백링크 형식으로 작성해 본다. 이게 시스템에 글을 보태는 첫 경험이다.
대학원생 · DAILY OPS
매일 돌리는 것
목표: 위키로 페이퍼 작성 속도를 2배로.
1
Daily 09:00: paper_monitor 결과 + 신규 ingest 1~3편. 5분 안에 PDF만 추리고 본격 ingest는 점심 후.
2
Daily 14:00: 진행 중 분석 백로그 1항목 30분 작업. 끝까지 안 가도 매일 진전.
3
Daily 17:00: 그날 작성한 wiki 노트 → 관련 노션 프로젝트 페이지 포스팅.
4
Weekly 금: 새 분석 백로그 6행 작성 1건. 다음 주 작업분 미리 예약.
5
Weekly 일: 월요 미팅용 미팅 노트 초안. 그 주 wiki 변경사항을 자동 합산.
6
Monthly: 자기 프로젝트의 wiki/projects/<name>.md 페이지 갱신 + research-question-scouting 1회.
연구원 · COORDINATION
팀의 일관성을 지킨다
목표: 학생이 들고나도 시스템 품질이 떨어지지 않는다.
1
Daily: logs/broken-wikilinks 모니터. 깨진 링크 5분 안에 수정 또는 logs/에 블로커로 기록.
2
Weekly 월: AGENTS.md vs 실제 운영 진단. 룰이 깨지고 있는 지점이 있으면 PR.
3
Weekly 화: 모든 active 프로젝트 노션 DB의 3종 앵커 점검. 누락된 곳에 빈 앵커라도 만들어둔다.
4
Weekly 수: 학생들이 작성한 분석 백로그 6행 PR-style 리뷰. Goal/Done이 측정 가능한지.
5
Monthly: notion-grant-mapping.md 단일 소스 갱신. 새 프로젝트, 새 그랜트, 종료된 과제 정리.
6
Quarterly: sub-AGENTS.md 분기 검토. 매뉴얼이 800줄 넘으면 도메인별로 쪼갠다.
교수 / PI · OVERSIGHT
시스템이 결과로 환산되는가
목표: 매주 5분으로 그룹 전체 운영 상태를 본다.
1
Weekly 5분: 그 주 새로 작성된 분석 백로그 수 / 클로즈된 P0 항목 수 / 누적 TSV 템플릿 수, 세 숫자만 본다.
2
Bi-weekly: research-question-scouting을 직접 1회 한다. 학생들이 놓치는 교차점이 보인다.
3
Monthly: AGENTS.md 변경사항 검토. 룰이 너무 자주 바뀐다면 운영 토대가 깨지고 있다는 적신호.
4
Monthly: 분석 산출물 → 페이퍼/그랜트 환산율을 본다. 5번 레이어가 정체되어 있다면 위키 작업이 외부 결과로 이어지지 못하고 있는 거다.
5
Quarterly: 신규 프로젝트 초기 설정. notion-grant-mapping.md 등록 + agenda/ 폴더 + 3종 앵커를 한꺼번에 만든다.
6
Annual: 시스템 자체를 다른 연구자에게 시연. 외부 시각으로 룰의 지역화/일반화 비율을 점검한다.
08 · ADAPT THIS

다른 연구실로 옮길 수 있는 8 원칙

생물학·신경과학에 묶인 시스템이 아니다. "1인 연구자 + 다중 AI 에이전트" 환경이면 어떤 분야에도 통한다. 8개 원칙을 자기 분야의 동사로 바꾸기만 하면 된다.

01
단일 운영 매뉴얼
에이전트마다 다른 룰을 주지 마라. 폴더 루트의 AGENTS.md 하나로 모든 에이전트가 같은 시작점을 공유한다.
02
단일 매핑 소스
프로젝트 ↔ DB ↔ 앵커 ID 매핑은 단 한 파일에만. 모든 에이전트가 매 세션 처음에 그 파일을 다시 읽게 한다.
03
메모리 누적 가드레일
"이런 식으로 쓰지 마"가 반복되면 즉시 메모리에 박는다. 같은 교정을 두 번 시키지 않는다.
04
덤프 → 분류 → 운영 → 분석
처음부터 분석 시스템을 만들려 하지 마라. 먼저 덤프하고 분류한다. 운영이 자리 잡은 다음에야 분석이 나온다.
05
출력 경로 사전 지정
에이전트에게 일을 시킬 땐 "어디에 무엇을" 둘지 미리 박는다. 사후 정리는 늘 비싸다.
06
노트 끝에 다음 작업을 박는다
위키 페이지 끝에 "다음 분석에 필요한 컬럼"을 미리 적어둔다. 그 한 줄을 그대로 다음 작업의 백로그로 옮길 수 있다.
07
웹 검색 차단의 가치
로컬 파일만 사용하도록 명시하면 에이전트가 잡지식으로 빈칸을 메우지 못한다. unknown은 prose 대신 컬럼에 남긴다.
08
일일 모니터의 누적 가치
매일 도는 1101줄짜리 모니터 스크립트가 30일 누적되면, 그 자체가 분야 동향 데이터셋이 된다.
09 · REAL WORKFLOWS

이렇게 씁니다

터미널이나 코드는 거의 안 만집니다. 채팅창에 한두 줄 던지면 끝나는 일들. 첫 셋업은 맨 위 "나도 이거 세팅해줘" gist 한 번이면 충분하고, 그 이후의 일상은 아래 다섯 시나리오에 가깝습니다.

PI · 월요일 아침
학생 6명 주간 피드백 초안
학생들의 주간 노션 노트와 그 사이에 위키에 쌓인 새 노트가 한 검색 표면 위에 있습니다. 미팅 전 5분이면 학생별 1페이지 코멘트 초안이 나옵니다.
Notion llm-wiki Claude
던지는 한 마디
지난주 이후 노션의 학생 주간 노트랑 그 사이 위키에 새로 쌓인 노트 같이 보고, 학생별 1페이지 피드백 초안 써줘
산출 학생 6명 × 1페이지 피드백 draft. 미팅 들어가면서 한 번 훑고 코멘트만 손보면 끝.
대학원생 · 미팅 전날
공동연구자에게 보낼 미팅 자료
위키에서 관련 노트를 추리고 → 노션에 미팅 페이지를 만들고 → Gmail로 메일 초안까지. 셋이 한 흐름으로 30분 안에 정리됩니다.
llm-wiki Notion Gmail
던지는 한 마디
위키에서 X 주제 관련 노트 5개 추려서 미팅용 1페이지 요약 만들어줘. 노션에 내일 미팅 페이지 만들어서 거기 넣고, Gmail로 공동연구자한테 메일 초안까지
산출 노션 미팅 페이지 + 발송 대기 중인 메일 초안 + 첨부 자료까지 한 묶음.
대학원생 · 본인 논문
초고 한 챕터에 위키 비교 피드백
쓰던 manuscript 한 챕터를 위키의 최신 결과와 대조시킵니다. 인용이 빠진 곳, 결과가 충돌하는 곳, 새 결과를 반영해야 할 곳을 찾아냅니다.
manuscript llm-wiki Claude
던지는 한 마디
이 챕터 읽고, 위키의 최신 노트랑 비교해서 인용 누락·결과 충돌·반영 필요한 부분 찾아줘. 트랙 체인지로 표시해주고
산출 코멘트와 추적 변경이 들어간 docx + 인용 누락 리스트 + 수정 권고.
연구원 · 협업 시작
새 협력자에게 프로젝트 자료 한 번에 전달
위키의 관련 노트 묶음을 노션 협업 페이지로 옮기고, Slack 채널에 링크를 공지하면 새 협력자가 같은 시점부터 프로젝트에 합류할 수 있습니다.
llm-wiki Notion Slack
던지는 한 마디
PROJECT-α 관련 위키 노트 전부 노션 협업자용 페이지로 옮겨주고, #lab-collab 채널에 페이지 링크랑 한 단락 요약 같이 올려줘
산출 노션 협업 페이지 + Slack 공지 + 새 협력자가 30분 안에 합류 가능한 상태.
학부생 · 매일 저녁
사수에게 일일 페이퍼 보고
오늘 위키에 ingest한 페이퍼들을 한 줄씩 요약해서 Slack으로 사수에게 보냅니다. 매일 5분, 사수도 학부생도 부담 없는 일일 동기화.
llm-wiki Slack
던지는 한 마디
오늘 ingest한 페이퍼 5편 한 줄씩 요약해서 Slack DM으로 사수한테 보내줘
산출 사수 Slack DM에 5줄 요약 + 위키 백링크. 학부생 → 사수 일일 동기화 자동화.
처음 시작은? 페이지 맨 위에 적어둔 3단계입니다. gist 링크를 복사해서 채팅창에 붙이고 "나도 이거 세팅해줘" 한 마디면 됩니다. 위 워크플로우들은 그 셋업 이후의 일상입니다. 터미널이나 명령어를 직접 치는 일은 거의 없습니다.